El 4 de junio de 1998, siendo todavía secretario general de AD, Alfaro fue postulado por el Comité Directivo Nacional (CDN) de su partido como candidato para la elección presidencial de aquel año.5 Fue también nominado a la presidencia por URD, ORA y otras organizaciones políticas.
Faltando pocos días para los comicios, el Comité Directivo Nacional de AD le retiró su apoyo para respaldar a Henrique Salas Römer; a quien consideraban el único capaz de derrotar a Hugo Chávez. Alfaro no aceptó la decisión del CDN y por ello fue expulsado por el Comité Ejecutivo Nacional (CEN) de ese partido.
Alfaro continuó en campaña con la ayuda de URD, ORA y demás organizaciones. El 6 de diciembre de 1998 ocupó el cuarto lugar en la carrera presidencial con 30.000 votos (0,60 %).
